W roku 1611 właścicielka miasta – księżna Anna Ostrogska, na wzgórzu przy kościele osadziła sprowadzone z Chełmna na Pomorzu siostry Benedyktynki. Był to pierwszy żeński klasztor w diecezji przemyskiej. Przyległy do kościoła dwuskrzydłowy klasztor powstawał dwuetapowo – budowę zakończono przed rokiem 1648. Po kasacie przez Austriaków klasztoru, w jego wnętrzach urządzono warsztaty i magazyny wojskowe. Podczas I wojny światowej budynki klasztorne i kościół uległy znacznym uszkodzeniom.
Podczas okupacji wzgórze św. Mikołaja zajęli Niemcy. Na terenie opactwa urządzili więzienie i miejsce straceń. Stan obiektu po wojnie był tragiczny. Spalony kościół zniszczony był w 80%. Wieże i klasztor nie miały dachów, mury groziły zawaleniem, baszty obronne były zdewastowane. Pamiątką po zniszczeniach wojennych jest tzw. Czarna Kaplica, która powstała na skutek pożaru w 1944 r. Wycofujące się wojska niemieckie chciały wysadzić tę część klasztoru. Nagromadzony w tym miejscu karbid spłonął, wytwarzając tak wysoką temperaturę, że stopił cegłę na sklepieniu, na skutek czego wytworzyły się na nim charakterystyczne sople. Czarne sklepienie pozostawiono na pamiątkę tych tragicznych wydarzeń.
Jednym z najcenniejszych zabytków Jarosławia jest kamienny portal z 1622 r., wspaniałe dzieło sztuki w kształcie łuku triumfalnego. Jego autorstwo przypisuje się wybitnemu rzeźbiarzowi – Janowi Pfisterowi – rzeźbiarzowi Sieniawskich. Mury opactwa benedyktyńskiego stanowią przykład systemu obronnego tzw. basztowego. Mury o łącznej długości 840 m. ze strzelnicami i ośmioma basztami czynią z tego miejsca rzadko spotykany zespół klasztorny.
Teren dawnego opactwa benedyktyńskiego nazywany jest przez pokolenia Jarosławiaków „Anna Kasarnia”. Anna – od imienia fundatorki – księżnej Anny Ostrogskiej, Kasarnia – na pamiątkę znajdujących się na tym terenie koszar austriackich.
W krypcie kościoła pw. św. Mikołaja i Stanisława złożone zostały (przeniesione ze Starego Cmentarza) doczesne szczątki Służebnicy Bożej Anny Jenke. Anna Jenke związana jest z Jarosławiem – w latach 1959-1966 pełniła rolę dyrektora Państwowego Liceum Sztuk Plastycznych. Była wspaniałym pedagogiem, nauczycielem i wychowawcą jarosławskiej młodzieży; kształtowała osobowość swoich uczniów, uczyła postawy szacunku wobec drugiego człowieka oraz sumiennej i rzetelnej pracy. W 1993 r. rozpoczął się jej proces beatyfikacyjny.