Franciszkanie-Reformaci przybyli do Jarosławia w 1700 r. na prośbę Antoniego Kwolka, bogatego mieszczanina. Otrzymali od niego posiadłość przy dawnym trakcie królewskim (obecnie ulica Jana Pawła II).
W roku 1704 przystąpiono do budowy muru, która potrwała do 1706 r. W latach 1710-1716 powstał zespół klasztorny wraz z kościołem Trójcy Świętej. Koszty powstania klasztoru i kościoła w dużej mierze poniósł łowczy kijowski, Franciszek Zawadzki oraz liczni ofiarodawcy. Ściany kościoła początkowo były białe, dopiero w 1753 r. pokryto polichromią tęczę, oddzielającą nawę od prezbiterium. W tym samym czasie malowidłami pokryty został fronton kościoła. W roku 1891 r. ściany kościoła zostały ozdobione polichromią, którą w 1909 r. ubogacił Jan Tabiński. Również w 1909 roku przyozdobiono okna witrażami.
W latach 1984-1987 dobudowano do kościoła kaplicę Bożego Miłosierdzia, natomiast w latach 1987-1991 została odbudowana stara studnia z 1736 roku.
Kościół pod wezwaniem Świętej Trójcy stanowi sanktuarium Krzyża Świętego. W ołtarzu głównym umieszczona jest figura Chrystusa Ukrzyżowanego, słynąca łaskami i niegdyś przyozdobiona licznymi wotami. W latach 1850-1855 w Grodzisku Dolnym i okolicach panowała epidemia cholery, pochłaniając wiele ofiar. Po odbyciu pielgrzymki do jarosławskiego kościoła św. Trójcy epidemia ustała. Na pamiątkę tego wydarzenia, jeszcze do lat osiemdziesiątych dwudziestego wieku w święto Podwyższenia Krzyża Świętego odbywano pielgrzymki przed cudowną figurę Chrystusa Ukrzyżowanego.