Na wzgórzu św. Mikołaja istniał pierwszy kościół parafialny w Jarosławiu. Czas powstania świątyni nie jest znany, ale według archiwalnych zapisów istniał już w 1431 r. Była to budowla jednonawowa z ikoną św. Mikołaja w ołtarzu głównym. W roku 1611 właścicielka miasta – księżna Anna Ostrogska, na wzgórzu przy kościele osadziła sprowadzone z Chełmna na Pomorzu siostry Benedyktynki. Był to pierwszy żeński klasztor w diecezji przemyskiej. Murowany kościół powstał w latach 1615-1624 pw. św. Mikołaja i Stanisława Biskupa.
Po wojnie stan obiektu był tragiczny. Spalony kościół zniszczony był w 80%. Obecnie w kościele pw. św. Stanisława i Mikołaja brak jest niemal zupełnie polichromii, zniszczone na skutek pożaru sztukaterie udało się zaś odtworzyć na podstawie zachowanych fragmentów. Wyposażenie kościoła pochodzi z Przemyśla, z kościoła pojezuickiego, który został ofiarowany przez Jana Pawła II grekokatolikom na katedrę. Siostry Benedyktynki powróciły na wzgórze św. Mikołaja w 1991 r. – połowę opactwa przejęła diecezja przemyska, zaś drugą połowę siostry benedyktynki.
Z kościołem św. Mikołaja iż późniejszym klasztornym kościołem św. Mikołaja i Stanisława związana jest sensacyjna informacja, dotycząca rzekomego odnalezienia w podziemiach kościoła św. Mikołaja grobu Jana Karola Chodkiewicza. Trumnę hetmana wraz z trumną jego małżonki Anny Alojzy Chodkiewiczowej (córki Anny Ostrogskiej) miano później przenieść do nowego kościoła sióstr Benedyktynek i umieścić pod kaplicą św. Krzyża. Wzmianka o istnieniu grobu hetmana na terenie opactwa znalazła się w aktach z przeprowadzonej w 1757 r. wizytacji klasztoru. Materiały archiwalne oraz relacje różnych osób nie rozwiały, jak dotychczas wątpliwości nagromadzonych wokół tej sprawy, wobec czego miejsce pochówku hetmańskiej pary nadal stanowi przedmiot sporów i owiane jest tajemnicą.