W roku 1611 właścicielka miasta – księżna Anna Ostrogska, na wzgórzu św. Mikołaja w Jarosławiu osadziła sprowadzone z Chełmna na Pomorzu siostry Benedyktynki. W ten sposób powstał pierwszy żeński klasztor w diecezji przemyskiej. Murowany kościół pw. św. Mikołaja i Stanisława Biskupa wybudowano w latach 1615-1624, natomiast przyległy do kościoła dwuskrzydłowy klasztor powstawał dwuetapowo, budowę zakończono przed rokiem 1648. Podczas okupacji wzgórze św. Mikołaja zajęli Niemcy. Na terenie opactwa urządzili więzienie i miejsce straceń. Stan obiektu po wojnie był tragiczny. Spalony kościół zniszczony był w 80%. Wieże i klasztor nie miały dachów, mury groziły zawaleniem, baszty obronne były zdewastowane. Pamiątką po zniszczeniach wojennych jest tzw. Czarna Kaplica, która powstała na skutek pożaru w 1944 r.
W lipcu 1944 r., Niemcy, opuszczając teren opactwa, podpalili obiekty klasztorne. W jednym z pomieszczeń klasztoru, w skrzydle północnym, znajdował się magazyn, w którym składowano spore ilości karbidu i innych środków chemicznych. Gdy ogień dotarł do tego pomieszczenia, wytworzył tak ogromną temperaturę, że ceglane ściany wraz ze stropem zaczęły się topić. Konstrukcja nośna nie została naruszona, cegły jednak uległy częściowemu stopieniu i nabrały czarnej barwy.
Po wojnie pomieszczenie odrestaurowano, pozostawiając jednak czarny, nadtopiony sufit wraz z podobnymi do stalaktytów soplami. Dzisiaj znajduje się tu kaplica, nazywana „czarną kaplicą”. Szczególną czcią otacza się tutaj Matkę Boską Częstochowską, której wizerunek znajduje się we wnętrzu.